鸵鸟种蛋的孵化率是一项综合性指标，影响它的因素很多，但最主要是鸵鸟种蛋的质量和孵化期的管理。抓好以下几点，孵化率就会大大提高。
种蛋产出后要及时拾起。不能让太阳长时间曝晒，因高温会增加胚胎内温度，并会使胚胎致死。冬季时也不能让种蛋受冻，收取种蛋不能用手拿，要用消毒好的毛巾包起来，马上送到孵化室。
种蛋的消毒很常用的方法有两种：一是洗蛋，洗蛋前必须把种蛋表面的泥土或污垢轻轻刷掉，然后用比例为1∶600的百毒杀溶液淋洗或喷洒。洗净之后即在空气中自然干燥，切记不能用湿布擦；二是熏蒸，熏蒸时一定要控制好用药剂量和时间，一般每立方米用40％的15毫升和7.5克的高锰酸钾，熏蒸时间一般不超过17分钟。
种蛋消毒后马上放入贮蛋室，种蛋的贮存一般不超过7天。种蛋贮存时应把蛋的气室朝上。贮蛋室的温度应控制在13～16℃之间，最好不超过17℃，湿度控制在45％左右，不超过60％。贮蛋室空气要流通，蛋在贮存时间不要随意翻动。
孵化温度是孵化能不能成功的决定因素，如高温低湿孵化，会使蛋内膜干燥，把胚胎包紧，肠胎发育较弱，成活率低；同样，低温孵化则会延长孵化时间和造成出雏前卵黄不吸收、水肿鸟等，出壳率也低，所以孵化温度不能低于36℃。详细情况要根据不同季节、不同孵化期和南北地区温度差异来掌握。
孵化的湿度也是影响孵化率的主要的因素。孵化湿度过大，易引起水肿鸟；孵化湿度过小，则会使胚胎失重过大，造成胚胎弱小而死亡。孵化的湿度一般以种蛋孵化的失水率来决定，一般种蛋孵化的最适湿度一般为22％，若湿度太多则要对孵化室内空气进行除湿处理。
换气和翻蛋也是影响种蛋孵化率的的因素之一。胚胎发育要呼吸，从空气中吸入氧气，呼出二氧化碳，缺氧则会导致胚胎死亡和弱雏增加。目前使用的进口和国产孵化机均可保证空气的交换，不致造成缺氧，但一定要保证进入孵化机内的空气是新鲜的。另外，为了能够更好的保证种蛋受热均匀和防止壳膜粘连，可以设定孵化机2小时翻转1次（90度角），或每小时翻转1次也可。
我国引进鸵鸟以来，一直使用进口的孵化设备，从孵化效果看，国产机器可以与进口机器媲美，但由于国产的孵化设备因无除湿系统，故必须对孵化室内的空气进行除湿处理。
除以上几点外，孵化室工作人员一定严格遵守环境卫生消毒制度。工作人员进入孵化室必须淋浴、更衣、换鞋和踩消毒水、非工作人员不得进入孵化室。只有这样，才可以更好、更有效地提高种蛋的孵化率。
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